Standardowo w aplikacji selekcja obiektów odbywa się na wszystkich warstwach EMUiA z priorytetem dla punktów adresowych. Przykładowo, klikając w miejscu, gdzie znajduje się zarówno punkt jak
i miejscowość, wybrany zostanie punkt adresowy. Użytkownik ma jednak możliwość wskazania wybranej warstwy do selekcji – wówczas wszystkie pozostałe warstwy zostają wyłączone z selekcji. Wybór warstwy do selekcji odbywa się z poziomu drzewa warstw. W celu przeprowadzenia selekcji tylko na jednej warstwie, należy kliknąć na nazwę warstwy (np. Ulice) w drzewie warstw, znajdującym się w prawym panelu aplikacji. Wybrana warstwa zostanie podświetlona na zielono:
Po wskazaniu warstwy do selekcji narzędzia selekcji będą działać jedynie na tej warstwie (na powyższym przykładzie – warstwie miejscowości).